1、计划管理
遵循教育科研和学校教育规律，每学年、学期初应制订单列的学校教育科研计划，或纳入学校的工作计划之内，每学年、学期应写出学校教育科研的工作总结，若该校承担有县级以上的课题，应按要求每年写出课题研究进展情况报告分送相应级别的教科机构，如果围绕课题研究准备举行较为重大的活动或会议时，需要提前报告其主题、形式、时间及参加人员情况，以便上级有关教科机构统筹安排。同时为使教科室的工作正常运转，还应制订相应的教科室工作制度和岗位职责。
2、课题管理
凡成立有关学校教科室的学校都应主动承担县级以上的科研课题，集中主要力量完成承担的课题任务，还要指导学校、年级、班(组)和教师个体的课题申报、立项、实施、结题等工作，形成学校内多层次、多领域的科研局面，如有的学校就把在省市立项的课题称作主体工程，把学校课题称作骨干工程，把年级、班(组)和教师个体的课题称作基础工程，充分调动学校广大教师的科研积极性，通过科研实践的探索和锤炼，促进教师素质的全面提高。
3、成果管理
组织学习和宣传教育政策、教育理论。重视科研骨干力量的形成，发现和培养科研积极分子。在课题研究中，要加强成果意识，提高研究成果的先进性、实用性和实效性。建立必要的激励机制，肯定教师在科研中付出的艰辛劳动，表彰优秀的研究成果，包括在有关报刊上发表的文章和在研究中形成的技术成果。按学年度把在学校以上的各类科研成果评奖中获奖的情况记入学校和教师的业务档案。
4、档案管理
学校教育科研运作中，要积累大量的资料，因此须作好资料的搜集、分类和归档。教科资料在形成、积累、归档时，应注意材料的真实性和准确性，也要注意材料的完整性和系统性；在建立档案时要注意科学性和适用性。通常，学校教科室至少应把以下门类的材料归档，再按档案管理的有关要求发卷建档。