在探索民办高校生源困境的原因时，首要归因于我国高等人才选拔的梯形机制。民办高校在选才时受到不公平待遇，单是在专科层次的投档批次中，民办专科排在公办专科之后，只能在专科二批(最后一批)进行招生，补录顺序同样如此。这样以提供专科教育为主体的民办高校只能在“录剩”的考生中挑选人才，选才体制问题直接导致民办高校无法获得充足的优质生源。
结构性矛盾也是民办高校生源枯竭的一个重要原因。在生源数量整体下降的背景下，我国高等教育大众化进程不断推动，无论是公办高校还是民办高校的办学规模得到跨越式发展。仅民办高校而言，民办高校数量从2003年的175所增加到2010年的676所，增加了286.3%，在校人数由2003年的81万人，增加到2010年的476.68万人，增长了488.5%，生源减少与办学规模扩大的结构性矛盾必然使民办高校的生源枯竭。
民办高校办学质量低下是考生拒绝就读民办高校的根本原因。高考恢复30多年的选才和高等教育大众化的推动，使中国成为世界第一的“文凭大国”，现在进入了“文凭相对过剩”时代，中国社会也从“文凭社会”转向“能力社会”。家长与考生也不再迷恋文凭，民办高校只有依靠其“文凭”的真正含金量才能获得社会的认同。
而且，我国民办高校融资渠道相对单一，很多民办高校的财政很大程度上要依靠学费收入，有的学校学费收入甚至占其财政收入的九成以上，在当前我国民办高校融资状态难以根本改变的情况下，生源的减少使民办高校办学的规模效应不复存在，生源减少带来的生存危机使民办高校由粗狂型发展转向内涵式发展刻不容缓。
民办高校的出路在于走精品化道路。精品化的内涵在于民办高校提供多样的、适应就业市场的高质量教育。美国的社区学院是我国民办高校可借鉴的好例子。社区学院虽然在美国高等教育体系中也处于相对较低的层级，但其以专业设置的实用性，服务趋向的地方性，服务的多样化等特点受到广大民众的欢迎，民办高校从中可以借鉴到很多实用的经验。