自主招生改革没有取得预期效果，主要是因为制度设计忽视了民众对优质教育的急迫需求和对教育公平的关注。任何改革都必须考虑两方面的问题，一是社会对人才的差异性要求，二是民众对教育公平的关注。不平衡这些问题，只是单纯在高考外加上自主招生，可能会演变为重复竞争，劳民伤财。
目前，大多数有自主招生权的学校都在中心城市，再加上城市考生在信息占有方面要明显优于边远地区和农村学校考生，因此来自基层的学生不可避免地存在劣势。在招生总数不变的情况下，实施自主招生在客观上减少了农村和边远地区考生的机会。如此一来，社会底层或农村孩子向上流动的机会将进一步减少。
而且，从目前的模式来看，自主招生似乎正在变成新一轮的应试竞技，增加学生的考试负担；各种暗箱操作人情因素的影响也有可能随之而来，造成社会不公。
自主招生的目的本是为了适应社会需求、不拘一格选人才，那么就应该将重点放在特殊人才的延揽上。譬如，国家急需而人们不太愿意从事的艰苦专业，如地质、探矿、石油、农业推广、农村教师、乡村医生，在这些方面给考生一定优惠，公众不会有反对意见；其次，必不可少又属于冷门的基础学科专业，如哲学、历史、天文学、考古学等，这些专业因为冷门且需要长期的学习兴趣，公众也能够理解；需要特殊天赋或才能的专业，如数学、文学、艺术、体育等，这些专业所需的素质是能够用专门标准测定的。无论如何，别把全部专业拿出来搞自主招生，更不能把那些诸如金融、外贸、管理之类的热门专业列入自主招生的范围，那样只会增加学生的负担，也会破坏教育公平。
总之，问题不是要不要高考，而是怎样进行高考和考什么。同样，问题也不是要不要自主招生，而是哪些专业需要自主招生和怎样进行自主招生。没有高考就不能保证教育公平，没有自主招生就不能满足社会对特殊人才的选拔。