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汉代人建构起以“天人感应”为特色的世界图式，以物质性的阴阳五行观念来解释和改造人与自然，在冯先生眼中，这是汉代人科学精神的表现。但对于汉代的科学观，冯先生并非完全认可，原因在于这种科学观具有神秘主义成分。
先生认识到，汉代的“天人感应”说揭示的人与自然的关系，并非真正意义上的科学真理，而是一种“神秘的联系”。这种联系的神秘性表现为以不可言说的“感动”作为沟通人与自然的桥梁。人的行动特别是统治者的行动可以神秘地“感动”自然界，使之有正常的或不正常的现象。
汉代人认为“天人感应”中神秘的联系主要源于“同类相动”原则。“类”概念的提出，在冯先生看来，是阴阳五行家实现“天人感应”的关键。自先秦以来，阴阳五行家便发现“类同相召，气同则合，声比则应”的“同类相动”现象。对此冯先生并未完全否定，他指出“两个乐器，如果震动数相同，可以引起共鸣，这就是所谓 ‘同声相应’。这是真实的”。而对于“从山里出来的云彩有草木的形象，从水里出来的云彩有鱼鳞的形象”等观点，他却认为“这些都是毫无根据的虚构”。这种虚构“把自然现象拟人化，认为在自然界中起作用的力量，也是有意识、意志和目的的”。这在冯先生看来是唯心主义思想。从历史角度看，汉代“天人感应”的科学观虽由先秦阴阳五行说发展而来，但已由先秦的“唯物主义”转为“唯心主义”。
