康熙元年（1662年），郑成功收复台湾，驱逐荷兰侵略者，可是入台不到半年便因昼夜操劳而病逝，年仅39岁。郑成功在辞世前曾向中外一再声明：“台湾者，是为中国人所经营，中国之土地也！”但是，其子郑经却试图分裂国土。
康熙五年（1667年）五月, 清廷派投诚将领和郑经在大陆的亲戚为说客，至台湾说服郑经，七月返回，带回了郑经的书信。信中称台湾已“非属中国版图”，他做台湾皇帝“王候之贵固吾所自有，万世之基已立于不拔”。让清政府以平等之国待之，互通信使，互相通商，方可使“彼此无虞，波浪不惊”。在致其亲戚的信中更是宣称：“今日东宁（指台湾），及版图之外，另辟乾坤，幅帧数千里，粮食数十年……何羡于中土哉！”并说，清政府若以苍生为念，应“以外国之礼见待”，否则，只能是白费气力。其分割台湾野心昭著，气焰十分嚣张。
康熙亲政后，清廷派知府慕天颜入台，主持和议，宣示招抚之意。并做了重大让步，允许郑氏封藩，世守台湾。郑经则提出：“苟能照朝鲜事例，不削发，称臣纳贡，尊事大之意，则可矣”（江日升《台湾外记》）。康熙答复：“若郑经留恋台湾，不思抛弃，亦可任从其便。至于比朝鲜不剃发，愿进贡投诚之说，不便允从。朝鲜系从未所有之外国，郑经乃中国之人”（《明清史料丁编》第三本）。故“台湾不可以与琉球、高丽之外国比”。康熙不愿台湾成为独立于中国之外的国家，故谈判破裂。
此后发生三藩之乱，大陆战火弥漫。郑经乘机与吴三桂、耿精忠勾结，占领厦门与漳州、泉州、潮州、惠州各地。转战数年，吴三桂失败，郑经孤军难支，又退回台湾。清朝再一次争取谈判，郑经再次要求“请照琉球、高丽外国之例”，而康熙坚决不同意，双方各持自己的立场谈判又无结果。
不久，郑经病逝，其子郑克爽嗣位。清廷讨论如何解决台湾问题，康熙排除了众多反对意见，决定采取“剿抚并用”的方针，“底定海疆”。并决定起用汉人施琅，授福建水师提督。1683年7月8日施琅率兵两万余人，乘战船二百余艘出征。郑克爽等极为恐慌。施琅一边武力威胁一边进行政治争取工作，台湾民众“莫不解体归心，唯恐（编者注：今作惟恐）王师之不早来”（阮锡《海上见闻录》）。郑氏集团已失去抵抗能力，于7月27日向清军投降，呈交延平王金印和户口土地册籍。康熙优待郑氏，称：“尔等从前抗违之罪，全行赦免。仍从优叙录。”（《清圣祖实录》卷一百一十一）。郑氏人众俱得妥善安置。台湾遂告统一。
康熙二十三年（1684年），清廷设台湾府，隶属福建省，在台澎分别驻兵1万人，设官治理、筑城戍守，台湾宝岛得以统一于清朝政府之下。